品質政策：
品質至上、優質檢驗、創新超越、精益求精
品質目標：
食安事件頻傳引發國內外對於食品安全之重視。食品中所含違法添加物及有害物質日新月異，如何解決於分析過程中層出不窮的多樣性問題，或從特定目標物跨入檢測未知物以辨識食品是否摻偽，以釐清影響食品安全之關鍵因素，然這些食品中含有前所未見之化學物質皆需透過精密的質譜儀器分析技術方能因應各種檢驗之需求。
衛生檢驗業務除配合年度稽查抽驗計畫、專案計畫、民眾檢舉抽驗、食品廠商委託檢驗、營業衛生水質微生物檢驗、傳染病醫事檢驗及濫用藥物尿液檢驗等外，並配合衛生福利部食品安全區域監測網絡規劃，由南區7縣市及直轄市衛生局間本著資源共享、相互支援的互助精神，建立各自專長檢驗項目，建構「南區聯合分工檢驗體系」、「直轄市聯合分工檢驗體系」、「全國聯合分工檢驗體系」等食品安全檢驗防護網，提供聯合分工檢驗服務。